北大医院也是国内首批建立的临床医学院之一，医院前身为民国教育部批准北京医科专门学校设立附属诊察所;1946年随北京医学院与北京大学合并，由此得名“北大医院”;此后经历院系调整，2000年北京大学与北京医科大学两校再次合并，医院随之更名为“北京大学第一医院”。2008年成为中央保健基地医院。
百余年来，北大医院拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创儿科教研室(1929)、泌尿外科(1946)、肾脏病专业(1950)、综合医院心血管病房(50年代)、儿科神经专业(1961)等;在国内率先开展改进静脉麻醉(1951)、先心手术(50年代)、肾移植(1960)、引进人工晶体植入术(1983)、冠心病介入性治疗(1986)、胸腔镜手术(1992)、第一台自体血液回收机(1997)、微创切口肺移植(2005)、经皮心室重建术(2013)等，为我国的医学事业作出了卓越的贡献。
北大医院设有36个临床科室、11个医技科室、1个研究科室、4个研究所;共有59个病房，开放床位1805张。日均门诊量1万人次左右，年收治病人近10万人，手术近4万余例。医院在职职工3700余人，其中正高级职称300余人，副高级职称近400人，泌尿外科郭应禄教授于1999年当选为中国工程院院士。
北大医院学科齐全，综合诊疗水平高，拥有国家临床医学研究中心1个，国家卫健委临床重点专科项目19个，国家级重点学科牵头单位和参与单位共12个，是国家药物临床试验机构、国家医疗器械临床试验机构和第一批北京市研究型病房示范建设项目单位。北大医院是医疗保险A类定点医院，为全市近2000万参保人员提供医疗保障服务，同时，医院还承担着全市6万余人的公费医疗，以及占北京1/8的干部保健任务。在北大医院的就诊患者中，有1/3是来自全国各地的疑难病患者。
作为北京大学历史最悠久的附属临床医学院，从1977年至今，北大医院累计培养本科生3300余人，研究生3800余人，其中包括硕士1900余人，博士1800余人，博士后近115人。目前医院每年承担着大量的教学任务，其中包括医学部8年制临床专业学生同期在院300余人，研究生同期在院590余人，同等学力人员90余人。护理专业同期在院近400人。同时，近年来医院还承担着繁重的继续教育任务，每年参加各级住院医师培训、进修、继续教育项目及各类考试的人员共计2万余人次。
北大医院将弘扬和践行“敬佑生命、救死扶伤、甘于奉献、大爱无疆”的崇高职业精神和“生命至上，举国同心，舍生忘死，尊重科学，命运与共”的伟大抗疫精神，塑造医德高尚、医术精湛、医风严谨的行业风范。凝练百年历史与硕果，面向新时代使命与担当，医院凝聚全院职工智慧 ，提出了“厚积淀耕耘一百载，新时代筑梦三十年”的历史基调，与时代同行的北大医院人会继续传承 “厚德尚道”的院训，追求“水准原点”的愿景，弘扬“爱心浇灌，生命之花”人文内涵，在实现伟大复兴中国梦的道路上，在健康中国、科技兴国、教育强国的背景之下，勇担“国家任务医学基地，世界一流学术医院”的时代使命，立足“立德树人为本，学术引领未来”的行动纲领，依托“聚焦学术竞争力，打造医学中轴线”的发展路径，早日形成“中心院区：国家任务，学术引领;密云院区：医疗先行，学科统筹;大兴院区：国际视野，北大模式”的一院三址、一体两翼的格局，不忘“厚积淀耕耘一百载”的从医初心，开启“新时代筑梦三十年”的时代征程。
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